Pulzní magnetoterapie rovnoměrně prostupuje lidskou tkání a může tak působit, jako jedna z mála metod, také v místě vnitřních zánětů.
Tam, kde je pulzní magnetoterapie aplikována, působí na každou buňku a indukuje v ní slabé elektrické proudy. Díky této indukci elektrických proudů, dochází ke změnám povrchových potenciálů buněk. Základem každého detoxikačního procesu je právě lepší zásobení živinami a lepší odvádění metabolických zplodin z tkání.
Hlavní detoxikační orgán v těle jsou játra, a proto se doporučuje při aplikacích pulzní magnetoterapie zaměřit právě na ně. Činnost jater podporuje také dostatečná hydratace a k tomu lze využít tekutin, u kterých proběhla takzvaná magnetizace. Jedná se o proces, kdy působením pulzní magnetoterapie na vodu dochází ke změnám struktury vody. Tato voda má mimo jiné lepší schopnost vázat na sebe molekuly kyslíku a je měkčí, a tak lépe rozpouští a odvádí odpadní látky a další metabolity.